联合国直属的秘密组织SML（Seigino Mikata Love：正义的．使者．爱）的特务，代号美色，潜入了另一邪恶秘密组织“猪蹄组”（台湾东森幼幼台播出时称“小猪组”）的飞行船内，窃走了秘密兵器的元件，并逃出至东京湾。 与此同时，一艘在东京湾沿岸航行中的屋形船上载满了双叶幼稚园师生。就在大伙儿玩得热闹之余，美色忽然从海中爬上了船。而后，一艘巨大的红色飞行船伸出了钩爪抓起了这艘船，老师和学生们纷纷跳下了船，但风间等人为了等上厕所的小新错过了跳船时机，五人连同如厕的美色在内，往不明的目的地移动。 美冴和广志从电视新闻得知了小新失踪的消息而感到绝望，这时，一名自称代号为肌肉的SML特务出现，并告知小新仍然活着的消息。肌肉向广志和美冴说明事情的原委，并表示这起事件将交由“SML”负责。不过，急于找到小新的两人不断哀求肌肉能让他们一同前往，但肌肉不从。 美冴在肌肉带来的资料中看到了“Hong Kong”这个地名，便推测小新的所在地为香港。美冴和广志随即准备出发，并将小白交给邻居照顾。抵达香港后美冴和广志发现肌肉，惟肌肉仍然不断回绝两人的要求，惟后来被广志强烈的意志所感动，遂答应让他们同行。就这样，美冴、广志和肌肉便朝向邪恶秘密组织“猪蹄组”前进。 这时，飞行船停靠在猪蹄组的巨大货柜船上。猪蹄组三大干部－巴鲁、布雷德、大妈现身，要求美色交出秘密兵器的元件，惟遭到美色拒绝。美色为了让孩子们能顺利脱困，牺牲自己激怒大妈而受到严重毒打，并被猪蹄组以严刑逼供。此时，肌肉正驾着私人飞机和野原三人前往搭救美色一行人，却遭到猪蹄组的飞行船击落，就此失去了飞行船、小新一行人的踪迹......