某个夜里，双叶幼稚园老师们因为员工旅游来到秩父市泡露天温泉，而正当老师们享受温泉时，忽然一阵巨响，这时看到一个庞然大物拔山倒树而来。第二天，散步途中的小新，看到了趴在地上的神秘大叔。而后，大叔自报名字为丹波，并和小新一同于浴缸泡澡，但当小新再度回神，丹波却消失不见了。数日后，美冴和小新、小葵被假扮成警察的人给带走了。而三人醒来后，却已身在不知某处的基地内部了，而成员们向野原一家说明原委。将野原一家带来这里的是直属日本政府，目的及任务是为了保护全日本的温泉的秘密组织－“温泉G组”，并向野原家要求合作。而他们的敌人“YUZAME”，是由厌恶泡澡的污垢达人博士所率领的秘密犯罪组织，打算进行“地球温泉化计划”。而温泉G组希望能够借由传说中能赐予入浴者神力的不可思议温泉“黄金之魂温泉”的力量来阻止他们的野心，温泉G组也已经知道了黄金之魂温泉的源头就在野原家的地底正下方。而这时，YUZAME突然攻进了温泉G组的秘密基地，好不容易逃脱的野原一家和组员后生挂和指宿在草津的指示下，驱车前往奥秩父－YUZAME的巢穴。但是任务失败，野原一家受到拷问游乐设施“不健康中心”的严刑考验，最后透露了有关“黄金之魂温泉”的消息。随后，YUZAME出动了巨大机器人，完全无视于日本自卫队不痛不痒的攻击来到了春日部，也正是温泉G组正在开挖“黄金之魂温泉”的野原家。究竟，野原五口能顺利守护他们的家吗？温泉G组是否能阻止YUZAME的野心吗？还有，敌方首领如此厌恶泡澡的理由到底是...