（唯央@追新番原创翻译 转载请注明出处）特别设立的警察厅特殊急袭搜查班NPS,与已存的SAT的机动力和SIT的搜查权一起，被称为“第三的S"不同于以往不问犯人生死的制压，他们的目标是生擒犯人。自从成立以来，他们成功制止了多起恐怖事件，作为保护日本安全的新兴力量大受瞩目。故事从某个平凡的一天开始。某地突然发生了巴士劫车事件。以神御藏一号为首的NPS奉命出动。然而到达现场的队员们却感觉到犯罪现场飘动着一种异样的感觉。与此同时，在太平洋上发生了轮船劫持的大事件！船上的货物是足以将日本全岛燃烧而尽的核燃料！到底是谁，又是为什么做出了这样的事。在首相与各大官僚聚集在一起不得其解的时候，一个自称是犯人的男人打来了电话。从话筒中传出的，是那个男人的声音。日本全灭倒计时。新的S，与海上保安厅所属特殊警备队SST共同战斗！