哥斯拉在三原山消失以后，超级X的残骸被回收，日本政府在毁坏的东京内寻找遗留下的G细胞同时，一个无情牟取暴利的生物工艺学企业联合所属的突击队也在找G细胞。然而这组织的代理人被杀，细胞也被SSS9，沙拉迪亚共和国所雇用的刺客偷走。中东石油国沙拉迪亚想要发展为农业大国，所以他们计划利用哥斯拉细胞中自我再生的力量创造出能在沙漠中生长的小麦。为完成这项计划，沙拉迪亚从日本找来了著名的白神博士。但是生物工艺学企业联合炸毁沙拉迪亚的实验室，销毁G细胞同时也把白泻神博士的女儿英理加炸死，遭逢丧女之痛的白神博士黯然回到日本，展开与世隔绝的生活。 五年后，三原山的火山活动转趋活跃，少女三枝未希的超能力使政府发现哥斯拉又开始活动。在哥斯拉将再次出现的威胁下，哥斯拉细胞被从储藏室拿出，用以研究噬核细菌(ANB)白神博士被请求参加这计划，然而他拒绝了。但是当三原山爆发损坏他的实验室以及他重要的玫瑰后，白神很快地重新考虑而同意参与这项计划。为了保存女儿的生命，五年前白神将英理加的细胞与玫瑰细胞融合在一起，现在，他想要将这些玫瑰都救回来，因此秘密地将哥斯拉细胞加入玫瑰细胞里。生物工艺学企业联合发现有制造ANB的这项计划存在，于是便派了两个人前往白神博士的实验室窃取，但这两个人被同样也是来找ANB的SSS9击败。忽然SSS9三人被一个有触手的东西攻击。之前那两人被杀，SSS9则逃跑了。隔日早上，白神查看他实验室的损失，调查那有触手的东西的碎片。看着墙上的大洞，他害怕得发抖，他知道他的实验造成可怕的错误。几天后，芦之湖巨大生物碧奥蓝蒂出现，它综合了人类、玫瑰以及哥斯拉的细胞。ANB完成以后，生物工艺学企业联合恐吓若不把ANB交给他们，他们就要用炸药让哥斯拉从火山出现。就在赎金被不情愿地交付时，埋伏的SSS9出现抢走了ANB及雷管。哥斯拉从三原山被放出，朝向东京湾前进。哥斯拉在Uraga海峡被超级X2拦截。配备有可反射怪兽热线的反射镜，超级X2重创哥斯拉。但是哥斯拉凶猛地攻击，最后导致反射镜融化，超级X2失控。此时，哥斯拉感受到碧奥蓝蒂，于是它便转向前往芦之湖。哥斯拉轻而易举地打败碧奥蓝蒂，使它着火，灰烬散发在天空。打败碧奥蓝蒂而在海中消失的哥斯拉最后在大阪湾出现。哥斯拉在城市里行进时，白神博士及时将ANB复原。经过修理后的超级X2在大阪商业区与哥斯拉正面交锋，它成功地分散了哥斯拉的注意力以便ANB从附近的摩天大楼射入哥斯拉体内。超级X2最后还是被哥斯拉击落，哥斯拉在城市无敌地走着，ANB竟神奇地没发挥功效。由于哥斯拉的体温太低，以致于细菌没有发挥作用，因此在哥斯拉下个目标，若峡核能发电厂旁，军队竖起一片巨大的微波塔，企图制造闪电为哥斯拉加温。哥斯拉通过军队的攻击，表面上似乎不受闪电作战的影响。但是一阵孢子从天降下，突变的碧奥蓝蒂由地下出现，经过一番打斗，ANB终于发挥效果，哥斯拉蹒跚的走开，掉进若峡湾的浅滩。而碧奥蓝蒂又变为一个个孢子向天空逸去。SSS9暗杀白神博士，但他们在逃跑时，在闪电作用区内被蒸发。力量被明显消弱的哥斯拉苏醒，若峡湾冰冷的海水降低了它的体温，它笨重地走进海里，走进不确定地将来。